refactor: 重构目录结构，扁平化agent布局

- 将 agents/root_agent、agents/note_agent 移至项目根目录
- 将 base/ 重命名为 agent_base/，避免被ADK误识别为agent
- 移除所有 __init__.py 中的 sys.path.insert hack
- root_agent 添加 note_agent 作为子智能体（sub_agents）
- 更新所有 import 路径
- 更新 README.md 和 API_DOC.md

agent_base/__init__.py

@@ -0,0 +1,5 @@
+"""
+基础工具模块
+
+存放与模型、配置、工具等相关的底层工具类和函数。
+"""